百合不挖第二年会不会发芽要根据水土情况和提供的环境来定。若是水土条件好，种球没有腐烂，第二年就还可发芽，还可正常生长，也会如期开花。但若是水土不适、所提供的环境不适，种球出现腐烂情况，第二年种球就不会发芽。为了保险起见，百合种球开花休眠后，最好是将其取出来，气候适宜时再重新种下，这样养护的时间更久。