科属不同：石菖蒲是天南星科菖蒲属的植物，而九节菖蒲虽然名为菖蒲，但并不属于菖蒲属，而属于毛茛科的毛茛属。毒性不同：石菖蒲和九节菖蒲都可以入药，也都具有一定的毒性。但相比之下，石菖蒲的毒性要比九节菖蒲弱一些。采收季节不同：石菖蒲多在秋冬季节采收，而九节菖蒲多在春季采收。